Per iniziativa del “Consorzio per la Fisica” e del suo Direttore Franco Bradamante, già alla fine del 1998 veniva istituito a Trieste il Collegio per le Scienze, che iniziava la sua attività nell’anno accademico 1999-2000.
Nel marzo 2001, nella Sala Cammarata dell’Università di Trieste, venne firmato l’atto costitutivo del Collegio. In quell’occasione, con decisione unanime, il neocostituito Collegio viene dedicato a Luciano Fonda e Franco Bradamante ne diviene Presidente, rimanendo in carica fino al 2012.
A Franco Bradamante sono succeduti alla presidenza del collegio Sergio Paoletti, dal 2013, Fabio Benedetti, e dal 2022, Vanni Lughi.
Dal 2016 il Collegio Fonda é insediato presso l’ex Ospedale Militare di Trieste, un edificio di grande valore storico completamente restaurato nel 2015 e adibito a residenza universitaria dell’Università di Trieste.